Структура подразделений

• Административно-управленческий аппарат
• Ученый Совет
• Научные подразделения
  • Лаборатория петрологии, изотопной геохронологии и рудообразования
  • Лаборатория геологии кайнозоя и палеомагнетизма
  • Лаборатория региональной геологии и геофизики
  • Лаборатория истории и экономики​
• Научно-вспомогательные подразделения
  • Организационный отдел
  • Северо-Восточный центр коллективного пользования
  • Музей естественной истории
  • Научная библиотека
• Подразделения обеспечения научных работ
  • Служба технической эксплуатации зданий и сооружений
  • Служба хозяйственного обеспечения и охраны
  • Служба материально-технического снабжения и операций с имуществом
  • Автохозяйство
• Учебные, научные и общественные организации
  • Совет молодых ученых
  • Магаданское региональное отделение Российского Геологического Общества
  • Северо-Восточное отделение Российского Минералогического Общества
  • Профсоюзный комитет